Die neunte Äbtissin von Niedermünster, Mathilde von Lupburg, hatte auf dem Johannesberg im Tal der Kleinen Laber ein kleines Sommerschloss. Dieses Schloss schenkte sie den Grafen von Kirchberg mit der Bitte, ein Kloster zu gründen. Die Grafen Heinrich und Ernst erbauten das Kloster und im Jahr 1103 zogen die ersten Mönche von Michelberg in Bamberg ein. Der erste Abt der Benediktinermönche hieß Burkhart, dessen Namen nun auch das Gymnasium in Mallersdorf-Pfaffenberg trägt. Das Kloster erlebte eine große Blüte und hatte sogar den Titel "sedes sapientiae", Sitz der Weisheit. Mit der Säkularisation im Jahr 1803 erfolgte die Auflösung. Bis zum Jahr 1869 standen die Gebäude leer, oder wurden zweckentfremdet. Als 1850 Mallersdorf Sitz des Landkreises wurde, brachte man verschiedene Ämter in den Räumen auf dem Berg unter.